結局、ボーリング屋さん（井上ボーリング）にお願いしまして、戻ってきました。

　「錆を全てとりきりますと、クリアランスが過大になる可能性が高いです。」
という返事が来たものの、上・下で0.01mm、中で0.005mm削るだけで錆は消えてくれたみたい。これで一安心、かな？